Le E646 nate alla fine degli anni '50, per lungo tempo sono state destinate ai treni più importanti circolanti sulla rete FS. Con l'avvento delle macchine più moderne, pian piano sono state relegate ai servizi regionali dove hanno concluso la loro carriera tra il 2008 e il 2010. La E646.203 era abilitata, fin dalla sua costruzione, al servizio navetta. Assegnata in ultimo a Firenze è stata demolita nel 2009 presso il cantiere di demolizione di Pontassieve.